1951年9月，日本与部分国家签署《旧金山和平条约》，同时单独与美国签署《日美安全保障条约》。按照后一个条约的规定，占领结束以后日本仍然有义务向美军提供基地。1952年2月28日，日美双方签署《行政协定》（1960年改称《地位协定》），具体探讨美军继续使用占领时期的基地问题。当时在冲绳以外的日本本土，美军使用的基地、住宅、仓库、港口等共有2824个，土地总面积约为1352平方公里。日本政府为保障《行政协定》的顺利实施，专门制定了《美军用地特别措施法》和《刑事特别措施法》。
日本获得独立后美军基地数目急剧减少，但土地面积减少得比较缓慢，其原因是个别基地的不断扩建。虽然基地有助于当地的经济，但也会带来一些消极因素。例如最早反对基地斗争的石川县内滩村，作为美军的实弹射击场4年收入7亿日元，否则每年只有200万日元的渔业收入。另一方面，基地又是犯罪和败坏社会风气的温床。从1952年5月到1953年4月的1年间，以基地为中心发生了杀人案6起、抢劫盗窃案229起、强奸案43起。
